Прямое продолжение первого сезона. Зеро возвращается после его исчезновения из Академии. Несмотря на испытываемое ею облегчение, Юки (чьё прошлое по-прежнему покрыто тайной), гадает, что же именно...

Академия Кросс — элитная школа с двумя раздельными классами, изолированными друг от друга: Дневным и Ночным. Префектам академии — Юки Кросс и Зеро Кирю — вменяется в обязанность поддерживать порядок...