Спустя два года после событий, описанных в «Final Fantasy VII», мир только начинает восстанавливаться и прокладывать себе дорогу к новому будущему. Однако появились и новые угрозы: болезнь Геостигма...

Команда всеми любимого космолета Бибоп снова в деле! Накануне огромнейший куш — триста миллионов вулонгов. Вот только дело предстоит иметь со злоумышленником, который уже успел загубить жизни сотен...